De Amstelkerk is in 1668 ontworpen door stadsbouwmeester Daniël Stalpaert. Deze houten noodkerk, die nooit is vervangen door een stenen gebouw, was nauwelijks meer dan een preekschuur van onbeschilderd grenenhout, zonder enige decoratie. Het vierkante grondplan van 28,3 bij 28,3 meter heeft dezelfde maat als de Oosterkerk, die ook van Stalpaert is. Het middengedeelte werd gedragen door twaalf zware houten stijlen, door middel van korbelen verbonden met liggers. In 1755 werd aan de buitenzijde een nieuwe horizontale betimmering aangebracht in een lichte kleur. In 1843 is de kerk verbouwd door W. Springer, waarbij de oorspronkelijke houtconstructie verdween achter een betimmering van gotische vormen, het meubilair werd vernieuwd en het Bätz-orgel geplaatst. Bij de restauratie van 1988 kregen de zijbeuken een verdieping met kantoorruimtes aan een rondlopende galerij. Sindsdien is hier Stadsherstel Amsterdam gevestigd. De kerk wordt verhuurd voor uiteenlopende activiteiten.